Il était un philosophe des sciences, un penseur (exigeant et libre) sur l’implication de la science dans la société humaine. Le rationalisme est sa puissance réflexive contre la superstition et autres contraintes matérielles (et/ou religieuses) qui imposent des limites (injustifiées) à l’humanité.
Perrin est né à Lille, fils d’un officier issu d’une famille paysanne de lorraine. Il fit ses études au lycée de Lyon puis en classe de mathématiques supérieures à Paris. A cette époque, il se dégage de toute croyance religieuse et s’oppose à l’idée, selon laquelle, le latin est nécessaire à une bonne construction intellectuelle de l’homme. En fait, il pense avoir perdu du temps par l’étude assidu du latin. Il construit sa philosophie et sa morale sur « l’esthétique et la bonté » dixit son fils Francis. En 1891, il entre à l’Ecole Supérieure Normale de Paris. Contemporain de Paul LANGEVIN et du biologiste Noël BERNARD, l’enthousiasme dont ces jeunes chercheurs font preuve (pour la recherche scientifique) stimule énergiquement les découvertes scientifiques et leurs implications sociales. Perrin était un socialiste, au sens large, mais sans se lier à aucun parti politique pour garder sa liberté de penser.
Il prouve à 25 ans que les rayons cathodiques portent une charge négative ; expérience capitale pour la découverte des électrons. Par la suite, il enseigne la Chimie-physique à la Sorbonne jusqu’en 1940. Il interprète une nouvelle conception de l’énergie, puis il chercha à valider certaines hypothèses atomiques par des preuves expérimentales. Il projette mentalement la possibilité d’un lien entre le monde microscopique et les phénomènes macroscopiques (perception directe de l’observateur) avec l’agitation interne des « émulsions de granules » qui se comportent comme une solution de molécules géantes. Il énonce également que les lois de compressibilité des gaz sont valable pour les solutions. Par des expériences sur le comportement de granules identiques, il montre que l’agitation thermique se répartit de manière prévisible, en s’opposant à la gravitation, les granules de résine d’un micron de diamètre sont « mathématiquement » en suspension dans l’eau. En 1908, il effectue la détermination incontestable du nombre d’Avogadro. Il reçoit en 1926 le prix Nobel pour ses expériences sur la théorie atomique. Il montre également que l’agitation thermique d’une granule suit le mouvement brownien.
L’astronomie était une passion pour lui, une nouvelle opportunité pour libérer l’humanité des conceptions archaïques (littérales) des textes religieux (occidentaux). L’astronomie était une passion pour lui et une science digne des abstractions les plus profondes de l’homme ; Il montre que l’énergie rayonnée par le soleil (1920) ne peut provenir que de la condensation de l’hydrogène en hélium. Il prédit également, qu’un jour, les hommes allaient maîtriser les énergies intra-atomiques.
Officier du génie pendant la guerre 1914-18, il invente des appareils d’acoustique pour l’armée, patriotique convaincu, il admet qu’il « faut se battre plutôt que de céder à la violence ». Nommé par Léon Blum (1936) sous-secrétaire d’état à la recherche scientifique, il s’efforce de trouver les moyens financiers nécessaires pour en stimuler l’efficacité. Après la débâcle de 1940, il refuse la soumission et part aux Etats-Unis pour porter la parole da le France et défendre son honneur. Il meurt en 1942, puis ses cendres sont ramenées en France pour intégrer le Panthéon le 18 novembre 1948.